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Hace cinco años Carol Jonson escapo de la presión de vivir en Los Santos, San Andreas – una ciudad dominada por los gangsters, la droga y la corrupción. Ahora, en 1990 Carol deberá volver a casa porque su madre ha sido asesinada, y su familia apartada. CJ acusado del homicidio por unos policias corruptos deberá aventurarse a trav?s del estado de San Andreas, para salvar a su familia y tomar el control de las calles. Así empieza la tercera saga de Grand Theft Auto: San Andreas para PC. Donde encontraremos un mundo 5 veces mayor al de Vice City, GTA San Andreas PC incluye nuevas características como el echo de tener que comer para poder sobrevivir, hacernos tatuajes, la ropa, el corte de pelo, un montón de vehículos nuevos junto con la tan querida habilidad para nadar, y una gran calidad gráfica.
La historia comienza cuando Carl Johnson, "CJ", recibe una llamada de su hermano, Sweet, diciéndole que su madre fue baleada desde un coche y murió. Por lo visto, los autores del Drive-by iban en un auto Sabre verde.
Es entonces cuando Carl tiene que volver a Los Santos, donde está su familia y el barrio que dejó hace mucho tiempo, y al que no le hace ninguna gracia volver: Ganton. Siguen estando las mismas pandillas que cuando se fue: Los Families de Grove Street, Los Ballas (los peores enemigos de Grove St., visten de morado), Los Varrios Aztecas (son mexicanos) y Los Vagos de Los Santos (que son latinos y mexicanos). Nada más al llegar, Carl es recogido por tres policías corruptos: Tenpenny, Pulaski y Hernández, que lo intimidan e involucran en el asesinato de un compañero suyo (El Oficial Pendelbury) y lo sueltan en medio del territorio Ballas.
A partir de ahí, Carl encontrará la manera de ir ganando respeto y dinero haciendo diversos encargos para los Original Gangsters Families, banda compuesta por los Grove Street Families (cuyo jefe es su propio hermano Sweet, y dos de sus integrantes, sus amigos Ryder y Big Smoke); los Temple Drive Families y los Seville Boulevard Families. Sweet está disgustado con CJ por haberse ido a Liberty City mientras el barrio y su banda se estaban debilitando día a día. Sweet, además, odia las drogas y al narcotráfico, y no está nada de acuerdo con el novio de su hermana Kendl, puesto que es un Azteca. Son asuntos en los que Carl, a su modo, ayudará con diversos resultados. Durante su estancia en Los Santos, Carl será acusado por el C.R.A.S.H. (Community Resources Against Street Hoodlums = Recursos de la Comunidad contra los Pandilleros), al que pertenecen Tenpenny y Pulaski; por haber matado a un oficial de Asuntos Internos llamado Pendlebury, que intentaba destapar las ilegalidades en las que incurría la unidad antibandas (y que fue asesinado, bajo las órdenes del propio Tenpenny, por Jimmy Hernández, otro policía del C.R.A.S.H.).
Es por esto que se ve obligado a hacer un par de "actos sucios" para el C.R.A.S.H, antes de descubrir, gracias a César Vialpando - el novio Azteca de su hermana - que Ryder y Big Smoke, junto con los Ballas y Tenpenny, están de una u otra manera relacionados con el coche desde el cual dispararon a su madre. Pero antes de que pueda vengarse, Sweet es herido y custodiado en una prisión hospitalaria, y CJ, arrestado.